ستاد جنگ‌های نامنظم، یک واحد چریکی به فرماندهی مصطفی چمران بود که از 6 مهر 1359 تا 15 آذر 1360، در مناطق عملیاتی استان خوزستان فعالیت می کرد.

ستاد جنگ‌های نامنظم، در روزهای ابتدایی پیروزی انقلاب اسلامی تشکیل شد. دکتر مصطفی چمران (شهید) که شکست دکتر محمد مصدق در کودتای آمریکایی - انگلیسی 28 مرداد 1332 را ناشی از نبود قدرت نظامی ‌شبه‌مردمی حامی وی می‌دانست، با استفاده از تجربه مبارزاتی و نظامی خود در لبنان، با کسب اجازه از امام خمینی (ره)، در پی ایجاد یک تشکیلات نظامی   با ساختار مردمی برآمد.⁠[1]

در گام نخست، اولین گروه از نیروهای داوطلب‌ عضویت در ستاد جنگ‌های نامنظم که ابتدا «نیروهای ویژه نخست‌وزیری» نامیده می‌شد، در کاخ سعدآباد و تحت نظارت مربیان ایرانی و لبنانی، که به همراه چمران به ایران آمده بودند، دوره آموزش نظامی را گذراندند و با شروع اقدامات تروریستی و تجزیه‌طلبانه خلق عرب در خرمشهر و اقدامات ضدانقلاب در کردستان و گنبد، به مناطق درگیری اعزام شدند.⁠[2]

شش روز پس از آغاز جنگ تحمیلی نیز، چمران که نماینده مردم تهران در مجلس شورای اسلامی بود و اعتقاد داشت برای شکست دشمن بعثی، باید به جنگ چریکی و پارتیزانی روی آورد، به خوزستان رفت و ستاد جنگ‌های نامنظم را تشکیل داد. ابتدا، نیروهای ستاد در بخشی از دانشگاه جندی‌شاپور (شهید چمران) اهواز مستقر بودند، اما بعداً برای بیشتر شدن جا و امکانات به محل استانداری خوزستان نقل مکان کردند.⁠[3]

خدمات پرسنلی و اداری (رکن 1)، اطلاعات (رکن 2)، عملیات (رکن 3)، پشتیبانی و لجستیک (رکن 4) و روابط عمومی، اصلی‌ترین ارکان ستاد جنگ‌های نامنظم بود که از طریق کمک‌های مردمی و بازاریان تأمین مالی می‌شد.⁠[4]

جلوگیری از سقوط شهر اهواز به دست مهاجمان بعثی در ابتدای جنگ با احداث یک کانال به طول بیست کیلومتر و عرض صد متر و پمپاژ آب رودخانه کارون با استفاده از پمپ‌های آب و انتقال آب به سمت نیروهای بعثی از جمله اقدامات مهم این گروه بود که در نهایت به عقب‌نشینی مهاجمان از اهواز و نجات شهر انجامید.⁠[5] اعزام نیرو به خرمشهر و کمک به مدافعان این شهر،⁠[6] مشارکت در آزادسازی سوسنگرد (26 آبان 1359)،⁠[7] زمینه‌سازی آزادسازی بستان و قطع ارتباط بین جبهه شمالی دشمن با جبهه جنوبی خوزستان⁠[8] و آزادسازی تپه‌های الله‌اکبر،⁠[9] از اقدامات مهم ستاد جنگ‌های نامنظم در ماه‌های ابتدایی جنگ تحمیلی است.

اواخر سال 1359، ستاد جنگ‌های نامنظم از یک‌سو با فشارهای سیاسیون موافق انحلال سپاه پاسداران و نیروهای مردمی و از سوی دیگر با فشارهای سیاسیون مخالف چمران در معرض انحلال قرار گرفت، اما با حمایت‌های امام خمینی، به فعالیت خود ادامه داد.⁠[10]

  ستاد جنگ‌های نامنظم به جز سازماندهی و شرکت در عملیات‌های نامنظم نظامی، برخی ابتکارات جنگی نیز داشت؛ از جمله با جدی شدن جنگ آب، به فکر ساخت زیردریایی کوچک برای استفاده در غرب رودخانه کرخه کور افتادند؛⁠[11] چمران به همراه یک تیم علمی، طراحی و ساخت زیردریایی را شروع کرد که با شهادت وی این پروژه نیمه‌تمام ماند.⁠[12]

شش ماه پس از شهادت دکتر چمران، ستاد جنگ‌های نامنظم در 15 آذر 1360، در سپاه پاسداران حمیدیه ادغام شده و تیپ 37 نور به فرماندهی علی هاشمی (فرمانده سپاه حمیدیه) تشکیل شد.⁠[13]  

شهید مصطفی ابراهیمی مجد، مرحوم سید علی‌اکبر ابوترابی، شهید کاظم اخوان، شهید سیدحسن اسماعیل‌نژاد، شهید اصغر علی‌اصغری، شهید حسن اکبری، شهید محسن الله‌داد (الهی)، شهید مجید بشکوه، شهید عباس پالیزگیر، شهید محمود جشن‌مریم و شهید روح‌الله جنیدی از چهره‌های شاخص ستاد جنگ‌های نامنظم هستند.

«ستارگان جنگ‌‌های نامنظم (1392، نشر شهر)»، «موتورسوار چمران (1400، انتشارات جام‌جم)» و «رقصی چنین میانه میدانم آرزوست (1387، بنیاد شهید مصطفی چمران)» ‌از جمله آثار منتشر شده درباره ستاد جنگ‌های نامنظم است. مستند «همزرم» نیز اثر تصویری است که درباره فعالیت‌های این ستاد تولیدشده است.